Sesuai dengan OTK UNDIKSHA Permen. No. 29 Tahun 2007 dan Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nomor 66 Tahun 2010 tentang Pengelolaan dan Penyelenggaraan Pendidikan, struktur organisasi terdiri dari:
- Unsur pimpinan: Dekan dan Wakil Dekan
- Senat fakultas
- Unsur pelaksana akademik: jurusan, laboratorium, dan kelompok dosen
- Unsur pelaksana administrasi bagian tata usaha
Tugas dan Fungsi Masing-Masing Komponen adalah sebagai berikut.
- Unsur Pimpinan
- Dekan adalah pimpinan Fakultas yang bertanggung jawab kepada Rektor.
- Dalam melaksanakan tugasnya, Dekan dibantu oleh Wakil Dekan I, II, dan III.
- Tugas Dekan adalah :
- Mengkoordinasikan penyelenggaraan pendidikan, penelitian dan pengabdian masyarakat di tingkat fakultas;
- Mengkoordinasikan pelaksanaan sistem penjaminan mutu di tingkat fakultas;
- Melaksanakan pembinaan dan pengawasan kepada dosen, pegawai dan mahasiswa;
- Menyusun rencana strategis fakultas;
- Menyusun program kegiatan dan rencana anggaran tahunan fakultas;
- Melaksanakan pengawasan terhadap seluruh program kegiatan fakultas; dan
- Menyusun laporan pertanggung jawaban tahunan fakultas kepada Senat Fakultas dan Rektor.
- Tugas Wakil Dekan II
- Bertanggung jawab terhadap program kerumahtanggaan dan anggaran fakultas;
- Menyusun program kerja dan alokasi anggaran fakultas;
- Melakukan koordinasi dengan Wakil Dekan I dan III dalam rangka penyusunan program dan anggaran;
- Mengkoordinasikan kegiatan dibidang kepegawaian;
- Mengkoordinasikan pengembangan dan pengawasan sarana dan prasarana fakultas;dan
- Menyusun laporan bidang keuangan dan administrasi umum.
- Tugas Wakil Dekan III
- Bertanggung jawab dalam hal penyusunan dan pelaksanaan program bidang kemahasiswaan;
- Menjabarkan kebijaksanaan program fakultas terkait dalam kegiatan organisasi kemahasiswaan (ormawa) dan kegiatan kemahasiswaan lainnya yang tertuang dalam rencana operasional (renop) fakultas;
- Memberikan arahan dan petunjuk dalam rangka pelaksanaan kegiatan ormawa dan kegiatan kemahasiswaan lainnya di fakultas;
- Melakukan pengawasan dan pengendalian atas pelaksanaan program kegiatan kemahasiswaan.
- Melakukan koordinasi dengan Wakil Dekan I dan Wakil Dekan II dalam penyusunan program untuk kegiatan kemahasiswaan.
- Melakukan evaluasi terhadap pelaksanaan kegiatan kemahasiswaan untuk mengetahui tercapai tidaknya tujuan program fakultas;
- Menyusun dan menyampaikan laporan hasil evaluasi pelaksanaan program kemahasiswaan kepada dekan selaku penanggungjawab program;
- Mempertanggungjawabkan penggunaan anggaran kegiatan kemahasiswaan fakultas; dan
- Membuat laporan bidang kemahasiswaan.
Sistem pemilihan pimpinan fakultas (Dekan dan Wakil Dekan) dilakukan sesuai peraturan yang berlaku. Pemilihan pimpinan fakultas dilakukan melalui rapat khusus senat.
- Senat Fakultas
Anggota senat terdiri atas Guru Besar, Dekan, Pembantu Dekan, Ketua Jurusan dan dosen wakil jurusan. Tugas senat adalah :
- Membuat laporan bidang kemahasiswaan.
- Merumuskan kebijakan akademik dan pengembangan;
- Merumuskan kebijakan penilaian prestasi akademik dan pengembangan kecakapan serta kepribadian sivitas akademika;
- Merumuskan norma dan tolok ukur penyelenggaraan kegiatan fakultas;
- Memberikan persetujuan pada rencana anggaran pendapatan dan belanja fakultas;
- Menilai pertanggungjawaban Dekan atas pelaksanaan kebijakan yang telah ditetapkan;
- Merumuskan peraturan pelaksanaan kebebasan akademik, kebebasan mimbar akademik, dan otonomi keilmuan pada;
- Memberikan pertimbangan kepada penyelenggara berkenaan dengan calon-calon yang diusulkan untuk diangkat menjadi Dekan dan dosen yang dicalonkan memangku jabatan akademik di atas Lektor;
- Menegakkan norma yang berlaku bagi sivitas akademika;
- Unsur Pelaksana Akademik
Unsur pelaksana akademik terdiri atas: jurusan, laboratorium, dan para dosen. Jurusan dipimpin oleh ketua dan dibantu oleh sekretaris. Ketua jurusan bertugas mengoordinasikan pelaksanaan pendidikan di jurusan dan bertanggung jawab kepada dekan. Sekretaris bertugas membantu ketua jurusan dalam administrasi kegiatan jurusan. Ketua laboratorium bertugas membantu ketua jurusan dalam pengelolaan laboratorium.
- Unsur pelaksana administrasi bagian tata usaha
Unsur pelaksana administrasi bagian tata usaha terdiri dari subbagian kemahasiswaa, keuangan, akademik, dan bagian perlengkapan. Bagian tata usaha ini dipimpin oleh seorang kepala tata usaha. Adapun masing-masing bagian yang ada di bawahnya dikepalai oleh seorang kepala subbagian.